Это типично - вы не должны писать в область «Программы» своего приложения.Вы должны писать в область файловой системы data - возможно, в область настроек пользователя или в общую область настроек приложения.
В основном политика была ужесточена (в Vista, я считаю,) пытаться отговорить программы делать именно то, что вы сейчас делаете.Наилучший подход - не обходить его, а менять место, где ваше приложение хранит свои настройки.