в matplotlib настройки set_aspect ('равные') переопределяют настройки заполнения (белая граница). В результате на выходе получается квадрат в квадрате, заполненный пробелами. Как переопределить это поведение, чтобы настройка set_aspect применялась только к графику контура, а не ко всему выводу.
import matplotlib.pyplot as plt
plt.axes().set_aspect('equal')
или
CS = plt.contourf(xi,yi,zi,30,cmap=plt.cm.jet,antialiased=True,alpha=0.4,norm=c_scale,aspect='equal')