В eclipse и MyEclipse есть папка dropins, которую можно использовать для установки плагинов. Папка dropins обеспечит правильную установку. Файлы jar можно поместить непосредственно в папку dropins или в подпапку «plugins» папки dropins.
Не уверен, что это было полное сообщение, которое вы видели при установке. Эти сообщения, как в eclipse, так и в myeclipse, немного сбивают с толку.