В качестве альтернативного подхода к ответам на основе конфигурации вы можете зарегистрироваться для события AppDomain.AssemblyResolve .
Это дает вам возможность запустить некоторый код при сбое разрешения сборки, поэтому вы можете попытаться устранить проблему во время выполнения (например, вы можете запустить рекурсивный поиск в каталоге для dll, если вы чувствуете дерзость).
Это может быть более гибким, чем использование конфигурации, за счет некоторой дополнительной сложности.