Мне нужно было сделать что-то похожее на это, консоль внутри интерфейса администратора, и, поскольку я использую PHP в бэкэнде, я просто создал скрипт для получения команд js и использую метод MongoDB :: execute, соединение в phpуже открыт, поэтому мне не нужно было передавать какие-либо данные аутентификации, только команды.
Вы должны быть очень осторожны с чем-то вроде этого, и убедитесь, что только доверенные пользователи могут получить доступ к странице (и сценарию),не делайте его общедоступным, поскольку любой может выполнить js на клиенте, чтобы получить доступ к вашей базе данных.
Редактировать: Вот ссылка на документы http://ar2.php.net/manual/en/mongodb.execute.php