Я только что столкнулся с той же проблемой.Если кому-то это нужно:
#!/bin/bash
mkdir ../converted
for x in `ls *`
do iconv -f Windows-1256 -t UTF-8 $x > ../converted/$x
done
Примечание: это для систем UNIX, в случае Windows вы можете использовать Cygwin.