У вас там две темы. И второе - созданное Boost, даже не работает ...
Повышающий поток не знает ничего о потоке приложения, из которого он был запущен. Нет даже способа, как вы могли бы «назначить» этот поток любому экземпляру boost: thread. Метод boost :: thread ::: get_id возвращает идентификатор класса потоков, которыми управляет только boost: thread, а не система. И поток, в котором вы выполняете вызов GetCurrentThreadId, управляется (вероятно) системой ...