Поскольку он имеет символ ^M, файл configure, вероятно, использует конец строки в стиле Windows.
Попробуйте преобразовать его для использования окончаний в стиле UNIX:
dos2unix configure
Тогда он должен нормально работать, когда вы делаете
./configure
Кроме того, No such file directory относится к интерпретатору, указанному в файле конфигурации с использованием нотации shebang , а не к самому файлу конфигурации. Вероятно, он не может найти его, потому что он ищет /bin/sh^M, тогда как он должен искать /bin/sh.