Если PHP работает как CGI, вы не можете использовать файл .htaccess для установки флагов PHP, это работает только в том случае, если PHP является модулем Apache.
Вы можете использовать ini_set , чтобы установить этот флаг из сценария PHP, но это не поможет, поскольку ini_set влияет только на текущий запущенный процесс PHP и не сохраняется.
Ваша единственная возможность может заключаться в том, чтобы запросить у вашего хоста включить короткие теги в php.ini или отредактировать каждый файл PHP для замены <? with <?php