вам нужно добавить еще один .htaccess в корневую папку вашего проекта на основе codeignitor и написать там некоторые правила перенаправления, как показано в следующем примере:
RewriteEngine On
RewriteBase /codeignitortest/
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule (.*) index.php?$1 [QSA,L]
или можете сделать ниже в application / config / config.php
$ config ['index_page'] = 'index.php';в $ config ['index_page'] = '';