У меня была похожая проблема при миграции с MySql на DerbyDB.В моем случае реальная проблема заключалась в том, что DDLUtils обрабатывает только те внешние ключи, которые нацелены на первичные ключи.
Итак, если у вас есть таблица MASTER, которая содержит какое-то уникальное поле не первичного ключа, и у вас есть таблица DETAILS, которая ссылается на таблицу DETAILS(внешний ключ) к этому уникальному полю, не являющемуся первичным ключом, DDLUtils не может связать записи DETAILS с MASTER и поэтому вообще не может вставлять записи DETAIL.
Такая ситуация была в DDLUtils версии 1.0.
Iсделал несколько быстрых (и, возможно, грязных) изменений в коде, и это, похоже, решило эту проблему.Модифицированную версию можно скачать здесь (включая исходный код): DllUtils-1.0_mod_with_src.jar .Вы можете использовать его на свой страх и риск.
С наилучшими пожеланиями, Кари Суракка