Вы можете поместить его в любом месте.
Обычно я создаю каталог в корне моего проекта с именем "cli /" и помещаю туда туда.
Обычно я получаюмаленький скрипт boot.php, который очень похож на index.php моего приложения, но заканчивается $application->bootstrap();
вместо $application->bootstrap()->run();
Что касается вашей работы cron, вы можете сделать что-то вроде:
* * * * * ENVIRONMENT=production /usr/bin/php /path/to/your/project/cli/script.php