Полагаю, вы можете зайти в реестр:
D2007: HKEY_CURRENT_USER\Software\Borland\BDS\5.0\Known IDE Packages
D2009: HKEY_CURRENT_USER\Software\CodeGear\BDS\6.0\Known IDE Packages
и удалите соответствующий ключ:
$(BDS)\bin\historyide100.bpl
or
$(BDS)\bin\historyide120.bpl
Я уверен, что это сработало для меня, и я помню, что это было все, что было нужно. Я, как правило, не беспокоюсь сейчас, а просто оставлю это. Скажите SVN игнорировать папки истории.
Любое обновление Delphi, похоже, тоже ставит его обратно.