Изменяя свойство Content, вы просто переключаете объект, который представляет содержимое окна, все дерево элементов будет поддерживаться, включая привязки.
В WPF вы не можете явно расположить элемент управления, потому что нет ничего, что можно было бы удалить, я имею в виду, неуправляемые ресурсы для освобождения. Если позже не использовать эти элементы управления, GC очистит их. Для привязок клавиш вам придется удалять их программно, перебирая элементы управления окном или вызывая соответствующий очиститель команд приложения, например:
ApplicationCommands.Close.InputGestures.Clear();
Надеюсь, это поможет!