На мой взгляд, у вас есть два возможных решения, и все сводится к тому, насколько типичной должна быть ваша WCF-служба.
Вам нужно преобразовать ваше сообщение в новый формат? Или вы планируете использовать другие функции в BizTalk в качестве маршрутизации на основе содержимого и т. Д.? Тебя вообще интересует содержание сообщения, пока в BizTalk ты в порядке, просто передав его?
Если вы ищете решение с возможностями, описанными выше, вам нужно получить схему для сообщения XML, которое вы хотите получить, в службу WCF и опубликовать эту службу. Когда сообщение находится в BizTalk, оно набирается, и вы можете делать с ним что угодно, используя BizTalk.
Однако, если вы просто хотите передать его, вы можете просто опубликовать сервис, который получил как сообщение типа XML-документ, и передать его через него. Вот хороший пост, описывающий несколько различных методов создания универсального сервиса, принимающего любой XML в качестве ввода.