Выделение папки проекта в представлении «Проводник пакетов» и нажатие клавиши F5 или щелчок правой кнопкой мыши и переход к «Обновить» обычно приводит к тому, что затмение подтверждает, что файловая система изменилась, и ей следует обновить свой вид.
Иногда для более трудной задачи перейдите в Project> Clean и затем выполните обновление, чтобы «открепить» Eclipse.
Беда в том, что Eclipse хранит отдельную виртуальную модель того, что находится в папках проекта на диске, и они не всегда совпадают. Обычно они в конечном итоге догоняют друг друга, но ручное обновление ускоряет процесс, по крайней мере, в большинстве случаев, когда я сталкивался с подобной проблемой.