Номинальным ответом на вопрос о том, как синхронизировать файлы, было бы использование инструмента, предназначенного для работы, например rsync, или использование реплицированной / совместно используемой файловой системы.Однако в вашем случае, вероятно, вы хотите, чтобы записи mysql отражали состояние файлов.
Для этого я бы рекомендовал написать пару сценариев PHP (один на отправляющей стороне, один напринимающая сторона).Чтобы добавить некоторую безопасность здесь, я бы не позволил принимающей стороне захватывать какие-либо старые данные - скорее, чтобы исходный сервер сделал запрос к получающей стороне, предоставив метаданные - тогда получающая сторона будет опрашивать данные изображения от источника, чтобысоздайте копию (и запишите запись mysql, когда это будет завершено).
Возможно, было бы неплохо подумать и о реализации некоторого вида транзакционного контроля - чтобы почувствовать, что оба конца синхронизированы без необходимости копироватькаждый файл.