Я могу только догадываться:
Если я правильно помню, матрица преобразования (3х3) - это матрица, которая вам больше всего нужна для OpenGL. Поскольку OpenGL является основным столбцом, имеет смысл также сохранять основной столбец внутреннего представления игры, поэтому вам не нужно выполнять дополнительную работу каждый раз, когда вы хотите передать матрицу 3x3 в OpenGL.
Сохранение остальных строк матрицы было, вероятно, дизайнерским решением. Возможно, они повторно использовали код из других игр, в которых уже используется мажорная строка, или их программистам просто удобнее с ним работать.
Другая возможность состоит в том, что многие операции, которые они выполняют над другими матрицами, преимущественно используют строки вместо столбцов. В этом случае ряд строк обеспечивает лучшую структуру памяти и ускоряет время доступа.
Возможно также, что форматы файлов, которые они используют, хранят матрицы в качестве основной строки.
Это много "может быть" и "если", но это подход, по крайней мере.