Ранее мы фиксировали файлы ipr и iml, и это работало хорошо. Недавно мы приняли Maven, и это тоже хорошо работает. Большинство проблем, с которыми я столкнулся с ipr / iml, было во время обновлений Intellij. Обычно Intellij обрабатывает это автоматически, но иногда это не так изящно, как хотелось бы. У нас все еще есть некоторые старые версии нашей кодовой базы, к которым мы должны периодически получать доступ, и они не используют Maven. С Intellij 10 мы должны вручную внести существенные изменения в конфигурацию в этих версиях, прежде чем их можно будет использовать. Чтобы еще больше усугубить проблему, некоторые из этих изменений не сохраняются в ipr / iml, поэтому каждый пользователь, который получает доступ к этой версии кода, должен вносить изменения самостоятельно. Это близкий звонок, но я бы предложил Maven. И, к слову, большинство людей любят или ненавидят Мэйвена, но я в центре.