Я нашел проблему, это было в начале, что не должно было быть там. Я не совсем уверен, почему, XML-файл в любом случае кодируется с помощью UTF-8, но DocumentBuilder не смог создать из него Document, когда эта строка была первой.
Спасибо за советы, которые привели меня к этому!