В конце концов, я использовал статический файл для обработки обратного вызова Facebook следующим образом:
<?php
/*
Callback redirect to get around CodeIgniters odd clean url analness
*/
$domain = $_SERVER['SERVER_NAME'];
$controller = $_GET['controller'];
$code = $_SERVER['QUERY_STRING'];
header("Location: http://$domain/$controller?$code");