По сути, тот же тип запросов , который вы бы использовали на консоли Mongo, вы передаете в виде массива методам запросов.
В вашем случае это может быть (если вы проверяете, что поле существует - обратите внимание, что поле может просто отсутствовать в документе):
array("someField" => array('$exists' => true))
Или проверить, не равно ли оно нулю:
array("someField" => array('$ne' => null))
Остерегайтесь $
в двойных кавычках, поскольку PHP будет считать эту переменную.