Если вы заполняете представление таблицы из plist, добавьте поле nsnumber в данные строки и используйте методы numberWithBool:
и boolValue
для создания логических объектов, которые можно сохранить в plist ...
Или вы всегда можете получить indexPath.row из выбранной строки в didSelectRowAtIndexPath:
и добавить его в массив выбранных строк или удалить из него, а затем сериализовать этот массив в plist.