Я получил эту ошибку на этой неделе и исправил ее, добавив путь к библиотеке sqlite в LD_LIBRARY_PATH:
Это был путь
[/usr/local/lib]$ ls
... libsqlite3.a libsqlite3.la libsqlite3.so libsqlite3.so.0 libsqlite3.so.0.8.6
И я добавил это в профиле:
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib
export LD_LIBRARY_PATH
Это решило проблему для меня.