Если я правильно понимаю, следующее должно делать то, что вы ищете. Я предполагаю, что ваш идентификатор курса и идентификатор студента находятся в строке базы данных, но вам нужно будет обновить их, если нет.
<?php
define('GRADE_A_MIN', 70);
define('GRADE_B_MIN', 60);
define('GRADE_C_MIN', 50);
define('GRADE_D_MIN', 45);
define('GRADE_E_MIN', 40);
define('GRADE_F_MIN', 35);
$table_one_values = array(); // Used to create table for students with scores 40+
$table_two_values = array();
while ($row4 = mysql_fetch_assoc($query4)) {
$score = $row4['score'];
$destination_table = 'two';
if ( $score >= GRADE_A_MIN ) {
$grade = 'A';
$destination_table = 'one';
} elseif ( $score >= GRADE_B_MIN ) {
$grade = 'B';
$destination_table = 'one';
} elseif ( $score >= GRADE_C_MIN ) {
$grade = 'C';
$destination_table = 'one';
} elseif ( $score >= GRADE_D_MIN ) {
$grade = 'D';
$destination_table = 'one';
} elseif ( $score >= GRADE_E_MIN ) {
$grade = 'E';
$destination_table = 'one';
} elseif ( $score >= GRADE_F_MIN ) {
$grade = 'F';
} else {
$grade = 'AR';
}
$table = 'table_'.$destination_table.'_values';
$$table[] = array(
'course_id' => $row4['course_id'],
'student_id' => $row4['student_id'],
'score' => $score,
'grade' => $grade
);
}