У меня похожая проблема. Модальное представление загружается из DetailViewController, и при повороте iPad модальное представление полностью исчезает из вида.
Самое близкое, что я пришел к исправлению, - это после поворота проверить, был ли загружен модальный вид, а затем перезагрузить его, вот так:
- (void)didRotateFromInterfaceOrientation:(UIInterfaceOrientation)fromInterfaceOrientation
{
if(self.modalViewController)
[self.modalViewController.view.window reloadInputViews];
}