Читая документацию Reflections, в запросе заказа на аннотации методов вы должны создать экземпляр Reflections следующим образом:
new Reflections("my.package", new MethodAnnotationsScanner())
Другой вариант - использовать API запросов Reflections, например,
Set<Method> set = getAllMethods(reflections.getTypesAnnotatedWith(...), withAnnotation(methodAnnotation))
import static org.Reflections.*;