Псевдокласс при наведении курсора может быть заранее определен в таблице стилей на основе заданного вами имени класса. Такие как:
li.classname:hover {color:#F000;}
Так что это определяется так же, через таблицу стилей. Вы бы просто планировали заранее, зная, что вы будете определять имя класса для сгенерированных JS тегов LI с определенным классом и стиль для него, несмотря на тот факт, что элементы списка не существуют, пока вы не создадите их с помощью JavaScript.