Разница в том, как клиенты получают доступ к вашему сервису. Обычно служба WCF будет использовать SOAP, но если вы создадите службу REST, клиенты получат доступ к вашей службе с другим архитектурным стилем (вызовы, сериализация, например JSON и т. Д.). Вот потрясающая белая бумага на RESTful WCF. Много больше информации о REST & WCF здесь .
Что касается недостатков, вы теряете большую часть работы, проделанной над спецификациями заголовков SOAP (например, WS- *, например WS-Security, WS-ReliableMessaging, WS-AtomicTransactions). Кроме того, SOAP нейтрален по отношению к транспорту, тогда как REST предполагает HTTP.