Статья в блоге в основном правильная, но не полная. Чтобы иметь полное представление о том, что делает файл odex, вы должны немного понять, как работают файлы приложения (APK).
Приложения в основном прославленные ZIP-архивы. Код Java хранится в файле с именем classes.dex, и этот файл анализируется JVM Dalvik, а кэш обработанного файла classes.dex хранится в кэш-памяти Dalvik телефона.
odex - это в основном предварительно обработанная версия файла classes.dex, которая готова для выполнения для Dalvik. Когда приложение odexed, файл classes.dex удаляется из архива APK и ничего не записывает в кеш Dalvik. Приложение, которое не является odexed, заканчивается двумя копиями файла classes.dex - упакованного в APK и обработанного в кэше Dalvik. При первом запуске также требуется немного больше времени, поскольку Dalvik должен извлечь и обработать файл classes.dex.
Если вы создаете собственное ПЗУ, то неплохо было бы использовать odex как для JAR-файлов фреймворка, так и для стандартных приложений, чтобы максимально увеличить объем внутреннего хранилища для установленных пользователем приложений. Если вы хотите тему, то просто deodex -> применить вашу тему -> reodex -> release.
Чтобы деодексировать, используйте small и baksmali:
http://code.google.com/p/smali/wiki/DeodexInstructions