Вы используете неправильный синтаксис .
Правильный код должен выглядеть следующим образом:
// prepare command escaping paths of your files
$parts = '';
foreach( array( 'file1.pdf', 'file2.pdf' ) as $part )
$parts .= escapeshellarg( $part ) . ' ';
// build command
$command = sprintf( 'pdftk %s cat output %s', $parts, escapeshellarg($output) );
// launch it
system( $command, $returnvalue );
if( $returnvalue ) printf 'There was an error.';
Следующая заметка :Пожалуйста, выберите более конкретный заголовок и удалите ненужный код.