В компании, в которой я сейчас работаю, есть много тестов JUnit, которые запускаются с использованием Maven (1.x). У нас никогда не было проблем, и любые тесты, которые не были выполнены в maven, можно отлаживать с помощью удаленного отладчика или в Eclipse самостоятельно.
Самое главное, чтобы вы правильно настроили среду, чтобы при запуске тестов использовались правильные каталоги, переменные и т. Д. Таким образом, вы не получите «ошибок компиляции». что вы получите при запуске Eclipse и Ant.
Maven имеет возможность запускать все ваши тесты для вас во время цикла тестирования, это должно остановить необходимость в каких-либо задачах Ant для запуска тестов. Тем не менее, если вам все еще нужны скрипты для других задач (генерация кода и т. Д.), Вам следует устать от способности Maven генерировать код и не включать его в скомпилированные двоичные файлы (jar, war), хотя это может быть исправлено для более новых версии Maven.
В конце дня лучше всего оценить Maven 2 и посмотреть, подходит ли он вам. Похоже, у вас уже (сарказм) очень весело (/ сарказм) с Ant и Eclipse уже. :)