Если я вас правильно понял, вам нужно закрыть вкладки, нажав «х» в правом верхнем углу окна вывода. Это находится в строке меню вверху окна -> Вывод. Вкладка для вывода будет содержать слово «run:» и будет иметь заголовок, похожий на «Output - Example (run) # 1».
Затем в нижней части Netbeans в строке состояния должен быть индикатор выполнения с символом «x» в конце, указывающим на все запущенные проекты. Вы должны закрыть это также.
Или вы можете перейти в строку меню вверху и выбрать «Выполнить -> Остановить сборку / Выполнить»