Либо исправляя приложение, чтобы оно удаляло (отменяло связь) файл сокета при выходе, либо, если вы знаете местоположение файла сокета:
fuser sockfile.sock || rm sockfile.sock
Это проверяет, использует ли процесс файл, и запускает на нем rm, если это не так. Вы можете поместить это в скрипт-обертку, который фактически выполняет приложение и впоследствии очищает файл сокета.