Первое, на что я посмотрю, это не заключенные в кавычки C:\Program files\CNV1.txt
в конце команды (все остальные указаны в кавычках).
Есть хороший шанс, что его рассматривают как два аргумента, C:\Program
и files\CNV1.txt
.
Вы также можете проверить правильность написания emiters
, я почти уверен, что правильным английским словом будет emitters
, хотя, конечно, это может быть в случае, если разработчики QuantiSNP не знают, как пишется: -)