Я подозреваю, что вы не получаете много ответов, потому что это не большая проблема. Даже в обоих ваших недостатках вы говорите, что они на самом деле не проблемы. Конечно, EDM отлично работает с большими базами данных. Я бы сказал, что чем больше база данных, тем больше потребность в решении ORM.
Однако вы можете разделить одну модель на несколько файлов, если это поможет вам упорядочить вещи, то есть несколько файлов .edmx могут составлять один контекст данных.
В качестве альтернативы, если вы можете логически разделить модель на изолированные части, которые могут взаимодействовать через интерфейсы, вместо необходимости непосредственного объединения сущностей в контексте данных, что хорошо как для управления моделью данных сущностей, так и просто для базового разделения интересов.