Пакетные файлы имеют один контекст выполнения.Когда вы вкладываете вызовы пакетного файла таким образом, вложенный файл полностью заменяет контекст внешнего / родительского пакетного файла.Нет записи о том, что был родительский пакетный файл, поэтому вы просто возвращаетесь к приглашению после завершения внутреннего файла.
Чтобы иметь возможность вернуться к внешнему пакетному файлу, вы должны выполнить
echo Before
call inner.bat
echo After