Знак $
не сигнализирует Razor о переходе в режим Html.
Поместите сценарий в теги <text>
:
@if(!string.IsNullOrEmpty((TempData["notification-message"] as string))) {
<text>
$('#notification').jnotifyAddMessage({
text: '@TempData["notification-message"].ToString(),
permanent: false
});
</text>
}