Существует два возможных способа fs для x86_64: либо в качестве регистра сегмента, индексирующего дескриптор в LDT (ненулевое значение), либо с нулевым индексом дескриптора и (скрытым, поддерживаемым ядром) базовым смещением виспользуется, когда виден префикс сегмента fs.
Какой режим используется, зависит от расположения (высокого или низкого адреса) дескриптора потока для текущего потока.