Вместо того, чтобы иметь один большой файл, чтобы иметь несколько файлов, по одному для каждой конкретной вещи, которую вы делаете в приложении?
Именно поэтому был изобретен SQLite, сложность в управлении базой данных проще
Не думаю, что с этим что-то не так.Если вы не создаете тысячи файлов, нет ничего плохого в том, чтобы разбивать его.