Ваш вопрос немного расплывчат, однако звучит так, что вам нужно разработать какой-то синтаксический анализатор для чтения в файлах cfg и перевести его в некую форму промежуточного языка или графа объектов, оптимизировать его, а затем вывести на c ++ , Звучит для меня как работа для доморощенного компилятора.
Если вы не знакомы с различными фазами компилятора, я настоятельно рекомендую вам ознакомиться с печально известной книгой драконов
http://www.amazon.com/Compilers-Principles-Techniques-Tools-2nd/dp/0321486811/ref=sr_1_2?ie=UTF8&s=books&qid=1244657404&sr=8-2
Опять же, если это важный проект с крайним сроком, у вас, вероятно, не так много времени, чтобы провести в мире теории компиляторов. Вместо этого вы можете проверить antlr. Это действительно полезно для создания лексара и парсера для вас на основе правил грамматики, которые вы определяете из синтаксиса файлов cfg. Вы можете использовать анализатор antlr для перевода файлов cfg в AST или какую-либо другую форму графа объектов. На этом этапе вы будете отвечать за манипулирование, оптимизацию и вывод синтаксиса c ++ в новый файл.
Я еще не читал, но это должна быть отличная книга для начинающих и опытных пользователей antlr
http://www.pragprog.com/titles/tpantlr/the-definitive-antlr-reference
плюс в Интернете есть множество учебных пособий и примеров по antlr, которые я использовал для его изучения. Надеюсь, что это поможет вам в правильном направлении.