Когда start
получает несколько аргументов, первым является заголовок нового окна. Попробуйте
start /B "" start /b C:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework\v3.5\MSBuild.exe ^
/target:publish ^
/p:SolutionDir="C:\cc\ttr\code\Com.IT.sln" ^
/p:PublishDir="C:\cc\ttr\code\deploy\" ^
/p:Configuration=Debug
(должен работать с ^
в конце строк, для удобства чтения, но если не просто снова поместить все в одну строку)