Я столкнулся с той же проблемой. Последняя версия SWFUpload работает, и это происходит благодаря прозрачному наложению swf поверх кнопки «Выбрать файлы».
Это будет работать. Причина, по которой Flash 10 сломал старую, заключается в том, что (по соображениям безопасности) он заставляет конечного пользователя инициировать процесс одним щелчком мыши, а не разрешать сценариям вызывать это.
Вместо того чтобы использовать весь JavaScript-код swfupload, мы фактически переписали всю эту библиотеку (и сократили код javascript примерно до десятой части оригинала).