Нет, не будет.Браузер (или другое приложение) запросит alias.otherdomain.com и сравнит это имя с содержимым представленного сертификата.Приложение ничего не знает о ваших псевдонимах DNS.
Обновление: Donal Fellows напоминает мне о многодоменных (в том числе подстановочных) сертификатах.Некоторые (но не все) центры сертификации предлагают такие сертификаты, поэтому, если вы купите один из них, ваша схема будет работать.Но в остальном мой ответ применим.