Есть два способа сделать это. Вы можете явно передать файл конфигурации XML в конфигурацию:
AnnotationConfiguration cfg1 = new AnnotationConfiguration();
cfg.configure("/hibernate1.cfg.xml");
AnnotationConfiguration cfg2 = new AnnotationConfiguration();
cfg.configure("/hibernate2.cfg.xml");
Или вы можете вручную обновить свойства базы данных перед получением SessionFactory:
Configuration cfg1 = new Configuration();
cfg1.addClass(...)
Properties p = new Properties();
p.put(Environment.DATASOURCE, "jdbc/database1"); // if using JNDI
p.put(Environment.URL, DRIVER, etc..) // if using a direction connection
cfg1.addProperties(p);
cfg1.buildSessionFactory();
...
повторите для других конфигураций, используя другие свойства
Как бы вы это ни делали, вы просто получаете сеанс из правильной фабрики сеансов.