Это может сработать:
$result = mysql_query("SELECT UNIX_TIMESTAMP() - " . time() . " AS diff");
$result = mysql_fetch_array($result);
$diff = $result['diff'];
$diff
будет содержать разницу в секундах между сервером MySQL и веб-сервером
Редактировать: чтобы получить разницу в формате ЧЧ: ММ: СС
$result = mysql_query("SELECT TIMEDIFF(UNIX_TIMESTAMP(), " . time() . ") AS diff");