попробуйте это:
implode(',',array_diff(explode(',',$first),explode(',',$second)));
РЕДАКТИРОВАТЬ:
обновлен до полной разницы (найден на PHP.net и изменен):
$first = explode(',', $first);
$second = explode(',', $second);
echo implode(',',array_diff(array_merge($first, $second), array_intersect($first, $second)));