Если это происходит периодически, вы можете проверить настройки IIS и посмотреть, перерабатывается ли пул приложений с 24-часовыми интервалами.(Я думаю, из памяти по умолчанию 29h)
Если это так, ваша проблема может быть вызвана тем, что IIS «раскручивает» новый пул приложений, в то время как старый все еще обрабатывает запросы (пересекающаяся переработка - чтоэто поведение по умолчанию), т. е. новый регистратор пытается создать экземпляр в новом процессе до того, как у старого будет вызван деструктор.
Редактировать: Забыл упомянуть (было поздно, когда я писал ответ),что один из способов смягчить это - изменить имя файла журнала, указав полную дату и время.