Этого нельзя сделать в Mercurial - файл либо отслеживается, либо не отслеживается (а затем при необходимости игнорируется). Вместо этого вам следует создать версию файла шаблона, а затем игнорировать реальный файл.
Итак, добавьте config.template к управлению версиями и добавьте config к .hgignore. Попросите разработчиков скопировать шаблон под реальным именем и настроить его по мере необходимости.