Трудно, не зная ваших данных, но, вероятно, есть разница в размере ваших индексов.Как вы сказали, у вас есть разные индексы для этих таблиц ... для первой у вас есть индекс для word_id / word, а для второй у вас есть word / doc_id.Таким образом, ваши индексы имеют разное количество записей и, скорее всего, имеют разный размер.Вы можете выполнить SHOW TABLE STATUS , чтобы получить лучшую идею (и, возможно, опубликуйте ее здесь, чтобы мы могли проанализировать ее вместе).
РЕДАКТИРОВАТЬ: Итак, ваши результаты:
экземпляров
Всего строк: 1348741
Средняя длина строки: 40B
Данные: 52,57 МБ
Индекс: 93,20 МБ
Всего: 145,77 МБ
instances_new
Всего строк:1383266
Средняя длина строки: 42B
Данные: 56,57 МБ
Индекс: 66,14 МБ
Всего: 122,71 МБ
и какВы можете видеть, что ваш индекс для таблицы экземпляров (99,2 МБ) значительно больше, чем во втором случае (66,14 МБ), в то время как размер данных почти такой же.Итак, как я и предполагал, разница в размере зависит от размера индекса, тогда как эту небольшую разницу в размере данных можно объяснить небольшой разницей в количестве строк (приблизительно)